もしf.lux（画面の色温度を自動調整するアプリ）使って画面がチラつくなら（OS X El Capitan）

f.luxのver 36.6のアップデートメッセージによれば、

Macのシステム環境設定＞ディスプレイの{輝度を自動調節}がONになってると、画面が点滅することがあるよ！

とのことでした。

というわけでオフにしてみたので、これでストレスなくf.luxが使えます。

次のMac OSではデフォでブルーライトカット機能を備えているという噂ですので、f.luxの寿命もあとわずかなのかもしれません。便利だったよ f.lux